Ликвидация фонда, независимо от его типа (общественно полезный или личный), осуществляется исключительно по решению суда. Это ключевое отличие от процедуры ликвидации других некоммерческих организаций. Для инициирования процесса необходимо подать соответствующее заявление в суд общей юрисдикции. Суд, удовлетворяя требование о ликвидации, определяет порядок и сроки проведения процедуры, а также назначает ликвидатора или ликвидационную комиссию. Функции ликвидатора (ликвидационной комиссии) аналогичны тем, что выполняются при ликвидации любых других некоммерческих организаций.
Основания для ликвидации общественно полезного фонда включают недостаточность имущества для достижения уставных целей при нереалистичной вероятности получения дополнительного имущества, невозможность достижения целей фонда и отсутствие возможности их изменения, уклонение фонда от уставных целей, а также иные случаи, предусмотренные законом. Личный фонд может быть ликвидирован по требованию его единоличного исполнительного органа в определенных законом случаях, либо по требованию выгодоприобретателя при невозможности формирования органов фонда. Кроме того, суд может принять решение о ликвидации фонда по заявлению государственных или муниципальных органов, если деятельность фонда противоречит законодательству, в том числе законодательству об иностранных агентах для личных фондов.
Для обращения в суд с требованием о ликвидации фонда заинтересованное лицо (для общественно полезного фонда) или уполномоченное лицо (для личного фонда) должно составить исковое заявление, соответствующее требованиям Гражданского процессуального кодекса РФ. В заявлении необходимо указать обстоятельства, подтверждающие основания для ликвидации, и приложить доказательства. Рекомендуется также указать в просительной части кандидатуру предлагаемого ликвидатора (членов ликвидационной комиссии) и возложить на него обязанности по определению порядка и сроков ликвидации, а также утверждению ликвидационных балансов. Обязательно оплачивается государственная пошлина: 3 000 рублей для физических лиц и 20 000 рублей для организаций. Исковое заявление подается в районный суд общей юрисдикции по месту нахождения фонда. Гражданские дела, как правило, рассматриваются судом в течение двух месяцев с момента поступления заявления.
После принятия судом решения о ликвидации фонда к назначенным судом ликвидационной комиссии (ликвидатору) переходят все полномочия по управлению делами фонда. Далее ликвидационная комиссия (ликвидатор) осуществляет все необходимые действия по ликвидации, перечень которых и порядок выполнения соответствуют общим правилам ликвидации некоммерческих организаций.
Судьба имущества фонда после его ликвидации зависит от его вида. В случае ликвидации общественно полезного фонда оставшееся после расчетов с кредиторами имущество направляется на цели, указанные в уставе, если законом не предусмотрен возврат учредителям. При ликвидации личного фонда имущество передается выгодоприобретателям соразмерно их правам. Если определить получателей имущества невозможно, оно передается учредителям. В случае ликвидации наследственного фонда, если получатели не установлены, имущество передается в собственность Российской Федерации по решению суда.