Регистрирующий орган может принять решение об исключении юридического лица из Единого государственного реестра юридических лиц (ЕГРЮЛ) при наличии определенных оснований. Данное решение публикуется в «Вестнике государственной регистрации» и размещается на официальном сайте регистрирующего органа. В случае с некоммерческими организациями (НКО) направляется дополнительное уведомление им и лицам, уполномоченным действовать от их имени без доверенности. Исключение применяется к юридическим лицам, которые в течение 12 месяцев не сдают отчетность, не совершают операций по банковским счетам и не находятся в процедуре банкротства. Также исключение возможно и в других случаях, предусмотренных законодательством. Заинтересованные лица в установленный срок могут подать возражения против предстоящего исключения. НКО, продолжающие уставную деятельность, могут подать соответствующее заявление, что предотвратит исключение. Важно отличать исключение из ЕГРЮЛ от процедуры банкротства отсутствующего должника, которая применяется при наличии задолженности перед бюджетом и возможности ее погашения через банкротство.

Юридическое лицо может быть исключено из ЕГРЮЛ по решению регистрирующего органа, если оно фактически прекратило свою деятельность (является недействующим). Признаками недействующего юридического лица являются: непредставление отчетности в течение последних 12 месяцев и отсутствие операций по банковским счетам. Оба признака должны присутствовать одновременно. Регистрирующий орган может исключить юридическое лицо даже при наличии долгов перед бюджетом, если отсутствует реальная возможность их погашения в рамках процедуры банкротства. Это происходит, когда у регистрирующего органа нет доказательств наличия имущества, достаточного для покрытия расходов по делу о банкротстве или погашения обязательных платежей. В качестве таких доказательств могут выступать ответы компетентных органов о наличии у должника имущества, а также документы, полученные в ходе поиска имущества налоговым органом или службой судебных приставов. Также могут быть представлены доказательства вероятности поступления имущества в конкурсную массу вследствие привлечения к ответственности лиц, несущих субсидиарную ответственность, или оспаривания сделок должника.

Дополнительными основаниями для исключения могут служить: отсутствие денежных средств для ликвидации юридического лица и невозможность возложения расходов на учредителей; наличие записи о недостоверности сведений в ЕГРЮЛ более шести месяцев; возвращение арбитражным судом заявления о признании юридического лица банкротом или прекращение производства по делу о банкротстве из-за недостаточности средств для возмещения судебных расходов; наличие оснований, предусмотренных Законом о противодействии легализации преступных доходов. Однако наличие условий для исключения не является безусловным основанием; решение принимается с учетом фактического прекращения деятельности и прав кредиторов. Для НКО, в частности ТСН или потребительских кооперативов, недостаточность банковских операций или непредставление отчетности не являются достаточными основаниями для исключения, поскольку банковские операции не всегда отражают уставную деятельность, а непредставление отчетности влечет налоговую ответственность.

Если должник соответствует признакам недействующего юридического лица и невозможно взыскать задолженность, территориальный налоговый орган может инициировать процедуру исключения с привлечением руководителя к административной ответственности. Юридическое лицо не будет исключено из ЕГРЮЛ, если в отношении него возбуждена процедура банкротства или имеются сведения о проводимых процедурах банкротства, либо если устранены обстоятельства, послужившие основанием для принятия решения о предстоящем исключении. Повторная процедура исключения не может быть инициирована ранее чем через 12 месяцев после прекращения предыдущей.

После принятия решения о предстоящем исключении из ЕГРЮЛ, оно публикуется в «Вестнике государственной регистрации» и размещается на сайте регистрирующего органа. Публикация содержит информацию о порядке и сроках подачи возражений. Возражения могут быть поданы недействующим юридическим лицом, его кредиторами или иными заинтересованными лицами в течение трех месяцев со дня опубликования решения. Если решение принято по основаниям Закона о противодействии легализации преступных доходов, срок подачи возражений для кредиторов и иных лиц составляет шесть месяцев. Для НКО, таких как ТСН или потребительские кооперативы, регистрирующий орган направляет уведомление с информацией о возможности подачи заявления о продолжении уставной деятельности. Заявление должно быть подано в течение трех месяцев со дня направления уведомления. Непредставление возражений или заявления в установленные сроки влечет исключение из ЕГРЮЛ.

Возражения подаются в свободной письменной форме с приложением подтверждающих документов. Форма N Р38001 не предназначена для подачи возражений, но может быть использована как основа с указанием даты и номера решения регистрирующего органа. Возражения могут быть направлены почтовым отправлением с объявленной ценностью и описью вложения (с нотариальным заверением подписи), в форме электронного документа, подписанного электронной подписью, или непосредственно в регистрирующий орган (с предъявлением документов, удостоверяющих личность). Также возможно направление через нотариуса. Возражения подаются в регистрирующий орган, принявший решение об исключении. Кредиторы или иные лица, чьи права затрагиваются исключением, могут обжаловать решение в течение года со дня, когда они узнали или должны были узнать о нарушении своих прав. Порядок обжалования аналогичен обжалованию отказа в государственной регистрации.

Исключение юридического лица из ЕГРЮЛ влечет те же последствия, что и его ликвидация: прекращение организации без перехода прав и обязанностей к другим лицам. Юридическое лицо утрачивает правоспособность, прекращаются его обязательственные отношения, за исключением случаев, когда законом возлагается исполнение на иное лицо. Исключение также влечет запрет на создание новых юридических лиц, участие в их составе или занятие должности директора в течение трех лет с момента исключения. Запрет распространяется на участников ООО, владевших не менее 50% голосов, и руководителей исключенных юридических лиц. Условия применения запрета зависят от основания исключения. Исключение не препятствует привлечению руководителя к административной ответственности, например, за нарушение сроков сдачи отчетности. Исполнение постановлений о назначении административных наказаний в отношении самой организации прекращается. Также возможно привлечение к гражданско-правовой ответственности директора, членов коллегиальных органов и лиц, фактически определявших действия организации, для взыскания убытков, причиненных самому исключенному юридическому лицу.

Руководитель организации, члены ее коллегиальных органов и лица, определявшие действия организации, могут быть привлечены к субсидиарной ответственности по обязательствам организации при ее исключении из ЕГРЮЛ, если они действовали недобросовестно и неразумно, что привело к неисполнению обязательств перед кредиторами. Для ООО это прямо предусмотрено законом. В отношении других организаций, при отсутствии аналогичных положений, возможно обращение в суд по общим правилам возмещения вреда. В делах о привлечении контролирующих лиц к субсидиарной ответственности в случае исключения общества из ЕГРЮЛ, суд может предполагать виновные действия (бездействие) этих лиц, если они не докажут обратное.