Порядок ликвидации автономных учреждений всех уровней включает следующие этапы: принятие учредителем решения о ликвидации и назначение ликвидационной комиссии (ликвидатора), уведомление регистрирующего органа и кредиторов, составление балансов, расчеты с кредиторами, регистрация ликвидации и передача имущества учредителю.
Решение о ликвидации принимает уполномоченный орган (государственный или муниципальный), при этом для федеральных учреждений решение принимает Правительство РФ, для субъектов РФ – высший исполнительный орган, для муниципальных – местная администрация. Перед принятием решения учредитель должен рассмотреть рекомендации наблюдательного совета.
После принятия решения ликвидационная комиссия (ликвидатор) осуществляет управление делами учреждения, публикует сообщение о ликвидации, составляет промежуточный и ликвидационный балансы, рассчитывается с кредиторами в установленной очередности (сначала выплаты лицам, получившим вред, затем работникам, далее – обязательные платежи в бюджет, и в последнюю очередь – прочим кредиторам). Имущество, оставшееся после расчетов, передается учредителю.
Важные действия включают:
подачу заявления о ликвидации в регистрирующий орган в течение трех рабочих дней;
внесение сведений о ликвидации в ЕФРСФДЮЛ;
уведомление кредиторов;
составление и утверждение промежуточного ликвидационного баланса после истечения срока для предъявления требований кредиторов;
составление и представление ликвидационного баланса после завершения расчетов с кредиторами;
подачу заявления о завершении ликвидации в регистрирующий орган с ликвидационным балансом и документами об уплате госпошлины (если применимо).
При ликвидации федеральных автономных учреждений действуют особенности, установленные Постановлением Правительства РФ от 26.07.2010 N 539, включая подготовку проекта правового акта и пояснительной записки, а также передачу имущества Росимуществу или иному уполномоченному федеральному органу. Субсидиарная ответственность собственника имущества учреждения может наступить в случае недостаточности имущества для удовлетворения требований кредиторов, вытекающих из публичного договора.