Процедура закрытия филиала учреждения начинается с принятия решения о его ликвидации. Однако, для корректного осуществления всех необходимых действий, рекомендуется заблаговременно, за два-три месяца до принятия окончательного решения, утвердить план ликвидации. Утверждение плана не является гарантией закрытия филиала, так как некоторым учреждениям требуется пройти дополнительные процедуры.

Процедура ликвидации филиала включает в себя ряд важных этапов. Необходимо своевременно уведомить налоговые органы о предстоящем закрытии, поскольку нарушение установленных сроков влечет за собой ответственность. Кроме того, следует учесть требования трудового законодательства, в частности, особенности увольнения работников в связи с ликвидацией филиала. Для обеспечения соблюдения всех сроков и выполнения необходимых действий, разработка и утверждение плана ликвидации является крайне важным шагом.

Составление плана ликвидации позволяет систематизировать все процедуры, которые необходимо выполнить до и после принятия решения о закрытии филиала, а также определить сроки их выполнения. Важно помнить, что некоторые действия имеют законодательно установленные минимальные или максимальные сроки, которые не подлежат изменению. Например, уведомление налогового органа о принятом решении должно быть осуществлено не позднее трех рабочих дней с момента его принятия, согласно подпунктам 3.1 пункта 2 статьи 23 Налогового кодекса Российской Федерации. Для утверждения плана ликвидации рекомендуется оформить соответствующий приказ или распоряжение, подписанное уполномоченным лицом, с приложением самого плана. Следует отметить, что утвержденный план не означает автоматического закрытия филиала; например, комиссия, ответственная за оценку последствий закрытия образовательного учреждения, может не выдать положительного заключения.

Особые процедуры при ликвидации требуются в зависимости от типа учреждения и сферы его деятельности. Так, филиал автономного учреждения не может быть закрыт без получения рекомендаций наблюдательного совета, который действует в соответствии со статьей 12 Закона об автономных учреждениях. Филиал дошкольного учреждения требует положительного заключения специальной комиссии, порядок работы которой для федеральных учреждений регламентируется Постановлением Правительства РФ от 06.02.2014 N 84, а для региональных и муниципальных – соответствующими нормативными актами субъектов РФ. Закрытие филиала общеобразовательного учреждения в сельской местности возможно только после проведения опроса жителей, результаты которого носят рекомендательный характер.

Решение о закрытии филиала учреждения принимается учредителем, что следует из положений статьи 9 Закона об автономных учреждениях, статьи 9.1 Закона о некоммерческих организациях и письма Минфина России от 11.04.2012 N 12-08-06/1616. В некоторых случаях, если это предусмотрено уставом учреждения, право принимать решения о закрытии филиалов может быть передано самому учреждению. В решении (приказе, распоряжении) о ликвидации филиала рекомендуется указывать наименование и ИНН учреждения, наименование и адрес ликвидируемого филиала, ссылки на заключения комиссий, решения наблюдательных советов или результаты опросов граждан, а также обязанность учреждения направить соответствующие заявления и сообщения в налоговый орган. Решение о ликвидации филиала федерального вуза требует согласования с Минобрнауки России, если оно не выполняет полномочия учредителя данного учреждения.

Уведомление налогового органа о ликвидации филиала необходимо для его регистрации и снятия с налогового учета по месту нахождения филиала. Сообщение по форме N С-09-3-2 подается в течение трех рабочих дней со дня принятия решения, а заявление по форме N Р13014 – в течение семи рабочих дней, согласно подпункту 3.1 пункта 2 статьи 23 Налогового кодекса РФ и пункту 5 статьи 5 Закона о государственной регистрации юридических лиц и индивидуальных предпринимателей. Нарушение этих сроков влечет за собой штрафы. Для уведомления налогового органа необходимо составить заявление и сообщение о закрытии филиала, а затем подать соответствующие документы.

После ликвидации филиала руководитель учреждения обязан отменить доверенность, выданную руководителю филиала. Отмена доверенности производится в той же форме, в которой она была выдана, или в нотариальной форме, согласно подпункту 2 пункта 1 статьи 188 Гражданского кодекса РФ. При отмене доверенности в простой письменной форме для информирования третьих лиц можно опубликовать соответствующую информацию в газете "Коммерсантъ", заверив подпись на заявлении об отмене у нотариуса. Также возможно представление распоряжения об отмене доверенности в электронной форме, подписанного усиленной квалифицированной электронной подписью, с внесением сведений в реестр распоряжений об отмене доверенностей. В случае использования нотариальной формы отмены доверенности, сведения вносятся нотариусом в реестр нотариальных действий. Необходимо известить об отмене доверенности как бывшего руководителя филиала, так и всех известных третьих лиц, перед которыми он мог представлять учреждение.

Имущество, оставшееся после ликвидации филиала, подлежит возврату в казну как излишнее. Это может быть сделано по инициативе учредителя или по заявлению учреждения. Поскольку филиал не является юридическим лицом и не обладает правами на имущество, оно находится в собственности учредителя и в оперативном управлении учреждения, согласно пункту 1 статьи 48, пункту 3 статьи 55 и пункту 1 статьи 123.21 Гражданского кодекса РФ.