Процедура ликвидации казенных учреждений всех уровней унифицирована. Первоначально учредитель принимает решение о ликвидации и формирует ликвидационную комиссию (или назначает ликвидатора), которая руководит всем процессом. Руководитель учреждения или ликвидационная комиссия (ликвидатор) уведомляют регистрирующий орган и кредиторов, а также вносят соответствующие сведения в Единый федеральный реестр сведений о фактах деятельности юридических лиц (ЕФРСФДЮЛ). Ликвидационная комиссия (ликвидатор) утверждает промежуточный и ликвидационный балансы, осуществляет расчеты с кредиторами и завершает процедуру регистрации ликвидации.
Для казенных учреждений законодательством установлены определенные особенности ликвидации.
Решение о ликвидации, как правило, принимается уполномоченным государственным органом или органом местного самоуправления, осуществляющим функции и полномочия учредителя. Порядок принятия решения и сама процедура ликвидации устанавливаются Правительством РФ для федеральных казенных учреждений, органом публичной власти федеральной территории для подведомственных учреждений, высшим исполнительным органом государственной власти субъекта РФ для казенных учреждений субъекта РФ, и местной администрацией муниципального образования для муниципальных казенных учреждений. Казенные учреждения не подлежат признанию банкротом по решению суда.
Ликвидация федерального казенного учреждения (ФКУ) предполагает предварительную разработку проекта правового акта федеральной службой или агентством, осуществляющими функции и полномочия учредителя, или федеральным органом, ответственным за выработку госполитики в соответствующей сфере. К проекту прилагается пояснительная записка, обосновывающая целесообразность ликвидации, содержащая информацию о кредиторской задолженности и порядке передачи осуществляемых функций. Решение о ликвидации ФКУ принимает федеральный орган исполнительной власти, осуществляющий функции и полномочия учредителя, с указанием наименования учреждения, органа, ответственного за проведение ликвидации, и правопреемника учреждения по обязательствам, включая исполнение судебных решений.
Законом не определены случаи, когда при ликвидации казенного учреждения назначается ликвидатор, а когда ликвидационная комиссия. Это определяет учредитель. При ликвидации ФКУ создается ликвидационная комиссия в течение двух недель после принятия решения о ликвидации. Назначение ликвидационной комиссии ФКУ целесообразно одновременно с принятием решения о ликвидации, если учреждение подведомственно федеральному органу исполнительной власти, осуществляющему функции и полномочия по выработке госполитики. С момента назначения ликвидационной комиссии (ликвидатора) к ней переходят полномочия по управлению делами учреждения. Состав комиссии законом не регламентирован, обычно в нее входят руководитель учреждения и представитель учредителя. Ликвидационная комиссия (ликвидатор) управляет делами учреждения, публикует сообщение о ликвидации, составляет и представляет на утверждение промежуточный и ликвидационный балансы, осуществляет расчеты с кредиторами в установленной очередности.
После принятия решения о ликвидации руководитель учреждения в течение трех рабочих дней подает заявление (уведомление) в регистрирующий орган по месту нахождения учреждения. При ликвидации ФКУ орган, наделенный функциями и полномочиями учредителя, направляет в регистрирующий орган правовой акт о ликвидации в трехдневный срок. Председатель ликвидационной комиссии (ликвидатор) уведомляет регистрирующий орган о формировании комиссии (или назначении ликвидатора). Также подается уведомление о ликвидации в ЕФРСФДЮЛ с указанием сведений о принятии решения о ликвидации, ликвидационной комиссии (ликвидаторе), порядке и сроках предъявления требований кредиторами. За несвоевременное представление сведений в ЕФРСФДЮЛ предусмотрена ответственность. Ликвидационная комиссия (ликвидатор) размещает сообщение о ликвидации в "Вестнике государственной регистрации" и направляет уведомления кредиторам. Срок для заявления требований кредиторов не может быть меньше двух месяцев со дня публикации.
Ликвидационная комиссия (ликвидатор) составляет промежуточный ликвидационный баланс и представляет его на утверждение учредителю по истечении периода, определенного для предъявления требований кредиторами. При ликвидации ФКУ промежуточный ликвидационный баланс представляется в орган, наделенный функциями и полномочиями учредителя, в течение 10 календарных дней с даты окончания периода для предъявления требований кредиторов. Перед составлением баланса проводится инвентаризация активов и обязательств. Указываются сведения о составе имущества, перечне требований кредиторов и результатах их рассмотрения, а также требования, удовлетворенные решением суда. После составления промежуточного баланса ликвидационная комиссия (ликвидатор) уведомляет об этом регистрирующий орган и подает сведения в СФР и налоговый орган.
Расчеты с кредиторами производятся после утверждения промежуточного ликвидационного баланса и погашения текущих расходов в порядке очередности: выплаты лицам, получившим вред, выплаты работникам, расчеты по обязательным платежам в бюджет и внебюджетные фонды, расчеты с прочими кредиторами. Кредиторы не вправе требовать досрочного исполнения обязательств. Обязательства, не подлежащие досрочному исполнению, переходят к правопреемнику.
После завершения расчетов с кредиторами ликвидационная комиссия (ликвидатор) составляет ликвидационный баланс и представляет его на утверждение учредителю в течение 10 дней. Вносятся изменения в реестр участников бюджетного процесса и закрываются лицевые счета учреждения. Для завершения ликвидации руководитель ликвидационной комиссии (ликвидатор) направляет в регистрирующий орган заявление о завершении ликвидации, ликвидационный баланс и документ об уплате госпошлины (800 руб., не требуется при подаче документов в электронной форме), а также документ, подтверждающий представление сведений о застрахованных лицах в СФР. В течение пяти рабочих дней регистрирующий орган вносит запись в ЕГРЮЛ и регистрирует ликвидацию учреждения. Регистрирующий орган направляет лист записи ЕГРЮЛ или решение об отказе в регистрации.