Обособленные подразделения (ОП) организации могут быть подвергнуты налоговой проверке двумя способами: в рамках общей выездной проверки всей организации или посредством назначения отдельных самостоятельных проверок, если речь идет о филиалах или представительствах. Проверки ОП в рамках общей выездной проверки организации осуществляются по стандартным правилам. Самостоятельные проверки филиалов и представительств имеют свои особенности.

При проведении выездной проверки организации, включающей проверку ее обособленных подразделений, применяются общие правила. В таких случаях специальные правила, касающиеся самостоятельных проверок филиалов и представительств, не задействуются. Решение о проведении выездной налоговой проверки (ВНП) выносится в отношении головной организации. В решении не указываются наименования и адреса подразделений, и отдельные решения о проверке ОП не принимаются, согласно пункту 2 статьи 89 Налогового кодекса РФ и пункту 1.4 Письма ФНС России от 25.07.2013 N АС-4-2/13622. Организация может быть проверена вместе с ее филиалами и представительствами, даже если в текущем году по ним уже проводились отдельные самостоятельные проверки. При подсчете лимита проверок для организации проверки ОП не учитываются, согласно пункту 5 статьи 89 НК РФ. Однако, представляется, что налоговые органы не вправе проверять региональные и местные налоги подразделений, которые уже были проверены в рамках самостоятельной ВНП, поскольку это будет считаться повторной проверкой, требующей специальных оснований. В ходе проверки инспекция, проводящая проверку головной организации, может обратиться в инспекцию по месту нахождения ОП с просьбой выделить сотрудника для проверки подразделения, согласно пункту 1.4 Письма ФНС России от 25.07.2013 N АС-4-2/13622. Это не означает, что у ОП будет самостоятельная ВНП. Проверяющие также могут запросить у головной организации документы по всем ОП, поэтому необходимо быть готовым к оперативному предоставлению документов из подразделений в головной офис. В случае выявления нарушений у подразделения, они будут включены в общий акт проверки по организации. Решение по итогам ВНП будет приниматься в отношении организации в целом. Отдельные акты и решения по подразделениям не составляются, поскольку они не являются самостоятельными налогоплательщиками, а лишь исполняют обязанности организации по уплате налогов, согласно статье 19 НК РФ.

Самостоятельная выездная проверка может быть назначена только в отношении филиала или представительства организации. Проверка проводится по общим правилам, с некоторыми особенностями, установленными пунктами 2 и 7 статьи 89 НК РФ: решение о проведении ВНП принимается инспекцией по месту нахождения филиала или представительства либо уполномоченным налоговым органом. Срок такой проверки составляет один месяц. Проверяться могут только региональные и местные налоги; спецрежимы, относящиеся к федеральным налогам, не подлежат проверке в рамках самостоятельной ВНП ОП, согласно пункту 1.5 Письма ФНС России от 25.07.2013 N АС-4-2/13622 и Письму Минфина России от 28.03.2011 N 03-02-08/32. В течение календарного года по одному и тому же филиалу (представительству) не может быть проведено более двух самостоятельных ВНП. Не допускается двукратная проверка одних и тех же налогов за один и тот же период. Решение о самостоятельной ВНП по филиалу (представительству) может быть принято, даже если в текущем году уже проводилась выездная проверка головной организации вместе с проверкой этого же филиала (представительства). Самостоятельные проверки ОП имеют свой лимит, и проверки головной организации в него не входят, согласно пунктам 5 и 7 статьи 89 НК РФ. Тем не менее, представляется, что если налоговые органы в рамках проверки головной организации с филиалами и представительствами уже проверяли региональные и местные налоги этих ОП, то в рамках самостоятельной проверки они не должны повторно проверять эти налоги за тот же период, так как это будет считаться повторной проверкой, требующей специальных оснований. В случае выявления нарушений при проверке ОП, акт составляется на головную организацию, поскольку подразделения не являются самостоятельными налогоплательщиками, а лишь исполняют обязанности организации по уплате налогов, согласно статье 19 НК РФ. Решение по итогам проверки также принимается в отношении головной организации.

Налоговые органы вправе проводить самостоятельные выездные проверки обособленных подразделений, но только если они являются филиалами или представительствами организации, согласно пунктам 2 и 7 статьи 89 НК РФ. По другим видам обособленных подразделений самостоятельные проверки не назначаются; они могут быть проверены только в рамках выездной проверки организации в целом, согласно Письму Минфина России от 28.03.2011 N 03-02-08/32.