Специфика управления государственными корпорациями и осуществления контроля в отношении них обусловлена тем, что единственным учредителем таких корпораций является Российская Федерация. Формы и способы управления, используемые РФ, разнообразны и закреплены в кодифицированных актах, специальных законах и подзаконных актах. Все государственные корпорации обязаны исполнять решения и поручения органов государственной власти, входящих в их компетенцию.
РФ участвует в формировании органов управления госкорпораций, включая наблюдательные советы, правления и генеральных директоров, посредством назначения представителей Президента РФ, Правительства РФ, Банка России и Государственной Думы. Порядок формирования и полномочия этих органов определяются федеральными законами, предусматривающими создание соответствующих корпораций.
Госкорпорации обязаны составлять и раскрывать годовые отчеты и годовую бухгалтерскую (финансовую) отчетность. Основным органом внешнего контроля за их деятельностью является Счетная палата РФ, которая проверяет соблюдение порядка целевого расходования средств. Внешний аудит осуществляется аудиторской фирмой, утверждаемой высшим органом управления госкорпорации. Внутренний контроль обеспечивается ревизионными комиссиями и (или) иными подразделениями, созданными внутри самих корпораций.
Управление госкорпорациями осуществляется через различные механизмы, включая установление заданий, обязательных для выполнения, участие в реализации проектов, имеющих общегосударственное значение, и контроль за исполнением решений органов государственной власти. Госкорпорации обязаны разрабатывать и исполнять программы (стратегии) деятельности и финансовые планы, утверждаемые наблюдательными советами.
Система органов управления госкорпорациями включает наблюдательный совет (совет директоров) как высший орган, правление как коллегиальный исполнительный орган и генерального директора (председателя) как единоличный исполнительный орган. Наблюдательный совет утверждает долгосрочные программы деятельности, систему оплаты труда и порядок использования прибыли. Правление готовит финансовые планы и предложения по использованию прибыли. Генеральный директор осуществляет текущее руководство деятельностью корпорации.
Госкорпорации обязаны составлять годовые отчеты, консолидированную финансовую отчетность (при необходимости) и бюджетную отчетность (для получателей бюджетных средств). Они также обязаны раскрывать свои годовые отчеты, стратегии деятельности и информацию о закупках на своих официальных сайтах. Законами о создании госкорпораций могут быть предусмотрены дополнительные требования к раскрытию информации.
Контроль за деятельностью госкорпораций осуществляется как внешними (РФ, Счетная палата РФ, Федеральное казначейство, внешние аудиторы), так и внутренними (ревизионные комиссии, подразделения внутреннего аудита) органами. Внешний контроль включает проверку целевого расходования средств, соблюдения законодательства и достоверности отчетности. Внутренний контроль осуществляется для обеспечения эффективности и законности деятельности корпораций. Государственный финансовый контроль подразделяется на внешний (Счетная палата РФ) и внутренний (Федеральное казначейство). Соблюдение целей и условий предоставления субсидий проверяется предоставляющими их госорганами и органами госфинконтроля. Аудит годовой отчетности проводится аудиторской фирмой, утвержденной наблюдательным советом.